本系原為電機工程系，成立於民國五十七年，以培育電力、控制、通訊及光電半導體科技人材為重點。 由於本校位置鄰台南科學園區，配合國家重點科技政策，本系以產學合作及建教合作為特色。基於本系的發展目標及技術人才之培育，整併資訊工程系之後，於民國一百一十四年經教育部核准改名為半導體工程系。在教學與研究上兼具『半導體智慧科技』、『半導體電機工程』二大重點發展領域。同時，也具有相關的技能檢定場，並在課程安排上提供相關的教育與訓練。